まず、FieldView で複数のデータセットを読み込みます。１つめは replace モードで ２つ目は append モードで読み込みます。
(Datasetが2つになっていることをご確認ください)

ユーザー関数パネルを立ち上げ、、計算式を定義します。
ユーザー関数パネルの起動は

[Edit] - ["Function Specification] パネルの [Create]
- "Function Formula specification" パネルの [Dataset Comparison] チェック

という手順になります。[Dataset Comparison] チェックで複数のデータセットの関数を取り扱えます。
([Dataset Comparison]のチェックを入れると変数の先頭に「1:」「2:」という文字列が追加されます。
「1:」はdataset1の変数を、「2:」はdataset2の変数を表しています)

ベクトル間の角度を求めるためには内積の公式を利用します。

データセット１のベクトル: A
データセット２のベクトル: B

とすれば、

A・B = |A| |B| cos φ

なので、 cos φは次式で与えられます。

φ = cos^-1( A・B / |A| / |B| )

※サンプルデータはこちらになります(右クリック→ファイルを保存)

○ファイルの中身
・FN021.frm─────────────────φを求める関数のリスタートファイル
・Rect_duct_dataset-1_sample.uns────────Dataset1のデータ
・Rect_duct_dataset-2_sample.uns────────Dataset2のデータ

○読み込み方法
　1. [File]→[Data Input]→[FV-UNS...]より、 「Rect_duct_dataset-1_sample.uns」を読み込む。
　　この時、INPUT MODEを「Replace」にして読み込みを行う。
　2. 1と同様に、「Rect_duct_dataset-2_sample.uns」を読み込む。
　　この時、INPUT MODEを「Append」にして読み込みを行う。
　3. [File]→[Open Restart]→[Formula...]より、 「FN021.frm」を読み込む。
　4. Coordinate Surfaceなどで、サーフェスを作成し、Scalar Functionを「fai」にして可視化する。